新疆医科大学第二临床医学院（第二附属医院）建于1954年，是一所集医疗、教学、科研、康复、预防、保健于一体的省级综合型三级甲等医院，现有现有国务院特贴专家3人，自治区突出贡献优秀专家3人，博导17人。医院立足学科专业优势和特色，打造国家神经脑科临床诊疗中心新疆分中心，重点围绕神经内科、神经外科、神经康复、神经介入、神经病理、神经影像等相关疾病开展诊断、治疗、康复工作，建立了全国领先、技术路线成熟的脑卒中绿色通道体系，已挂牌国家级高级卒中中心、胸痛中心。获批新疆神经系统疾病研究重点实验室、自治区神经系统疾病临床医学研究中心、国家首批神经介入建设中心、国家精神心理疾病临床医学研究中心新疆分中心、国家老年疾病临床医学研究中心新疆分中心等，已逐步成为新疆神经脑科中心品牌。

2021年1月，经人力资源与社会保障部和全国博士后管理委员会批准新疆医科大学第二附属医院正式设立博士后科研工作站，2021年至今共招收3名博士后。