新疆医科大学第二附属医院建于1954年，历经70年的发展和建设，已全面建成集医疗、教学、科研、康复、预防、保健于一体的省级综合型三级甲等医院。医院先后获全国五一劳动奖状、全国百姓放心示范医院、进一步改善医疗服务行动计划示范医院、自治区首届希望工程建设先进集体、自治区疫情防控先进集体、自治区文明医院、自治区精神文明先进集体、自治区民族团结先进集体等荣誉称号。

医院立足学科专业优势和特色，确立了以“神经脑科”为特色的专科集群发展主线，已形成新疆神经脑科临床诊疗中心品牌。拥有国家神经系统疾病临床医学研究中心(新疆分中心)、国家精神心理疾病临床医学研究中心（新疆分中心）、国家老年疾病临床医学研究中心（新疆分中心）3个国家级临床医学中心。新疆神经系统疾病临床医学研究中心、新疆耳聋防治及听力重建中心、新疆关节及周围神经疾病诊疗中心3个自治区级中心，1个自治区级重点实验室，国家神经疾病区域医疗中心已被国家发改委列为“辅导类”项目、自治区列为重点项目。现有1个国家临床重点专科，15个自治区级临床重点专科，14个国家级住院医师规范化培训基地，14个博士专业培养点，27个硕士专业培养点。

现有享受国务院特殊津贴专家4人，全国名中医1人，全国五一劳动奖章1人，白求恩式好医生1人，国家卫健委改善医疗服务突出贡献工作者1人，自治区突出贡献优秀专家1人，自治区“天池英才”特聘专家11人，“天山英才”领军人才2人、青年拔尖人才1人，中青年骨干人才13人，新医名医4人、教学能手3人，博士生导师24人，硕士生导师63人。