神经内科临床诊疗中心为国家级临床重点专科、新疆医科大学支撑学科、新疆医科大学第二附属医院重点学科。目前共设5个病区：神经内科一病区（脑血管病与感染）、神经内科二病区（癫痫与肌病）、神经内科三病区（运动障碍性疾病、睡眠中心和神经调控中心）、神经内科四病区（痴呆与神经免疫）、神经内科五病区（中西医结合脑病），床位达170张。拥有一批临床经验丰富、诊疗水平高超的专家，享受国务院特殊津贴、自治区突出贡献优秀专家1人，“双聘教授”、自治区高层次人才1人、长江学者1人，天山英才2人，援疆干部人才2人，博导5人（其中4人为国内知名专家），硕导4人，高级职称11人，博士4人。已培养博士、硕士研究生近60名。

神经内科作为新疆医科大学神经脑科临床诊疗中心，具有较强的神经系统疾病的诊治能力，在解决诊治疑难、复杂、危重的神经系统疾病方面已形成区域优势；积极申报国家神经疾病区域医疗中心—中南大学湘雅医院新疆医院，已被列为自治区重点项目，于2022年获批国家区域医疗中心辅导单位、2023年5月获批国家级临床重点专科。神经内科是新疆神经病学临床医学研究中心和新疆神经系统疾病研究重点实验室，是新疆医科大学睡眠中心，已获得国家高级卒中中心、国家帕金森高级中心、中国帕金森联盟成员单位、帕金森病一站式诊疗中心暨运动障碍培训基地、国家神经介入建设中心、中国静脉介入联盟单位、国家记忆障碍防治中心、国家级博士后科研工作站等。